二级生物安全柜是目前应用最为广泛的柜型。按照《中华人民共和国医药行业标准YY0569-2005生物安全柜》中的规定，二级生物安全柜依照入口气流风速，排气方式和循环方式可分为四个级别：A1型 A2型 B1型和B2型。所有的二级生物安全柜都可提供工作人员，环境和产品的保护。
A1气流速度最小量或测量平均值应至少为0.38m/s.无内部循环气流，100％的气体通过口过滤排出。
A2型安全柜前窗气流速度最小量或测量平均值应至少为0.5m/s.70％气体通过HEPA过滤器再循环至工作 区，30％的气体通过口过滤排出。
二级B型生物安全柜为连接排气系统的安全柜。连接安全柜排气导管的风机连接紧急供应电源，目的在断电下仍可保持安全柜负压，以免危险气体泄漏入实验室。其前窗气流速度最小量或测量平均值应至少为0.5m/s(100fpm)
B1型70％气体通过排气口HEPA过滤器排除，30％的气体通过供气口HEPA过滤器再循环至工作区。
B2型为100％全排型安全柜，无内部循环气流，可同时提供生物性和化学性的安全控制，可以操作挥发性化学品和挥发性核放射物作为添加剂的微生物实验。
三级生物安全柜是为生物安全防护等级为4级实验室而设计的，柜体完全气密，工作人员通过连接在柜体中的手套进行操作，俗称手套箱，试验品通过双门的传递箱进出安全柜以确保不受污染，适用于高风险的生物试验，如进行SARS,埃博拉病毒相关实验等。
