农业科研大型仪器设备受农业季节性、周期性、分散性、变化性因素的制约以及农业科研学科方向多、范围广、层次深、难度大的影响，致使大型仪器的使用上也具有季节性、间断性和多变性的特点，而仪器设备采购时缺乏相关因素的论证
与仪器设备的可行性分析。各课题组上报采购计划时，仅从自己实验任务和项目本身出发，缺乏课题组之间必要的沟通，甚至仅考虑某个人员的需要; 另一方面，缺乏对外服务方面的考虑，造成仪器设备具有了学科与专业的局限性，不利于大型仪器设备的有效利用和共享。以橡胶所的大型离心机为例，橡胶所共有20 万元以上大型离心机4 台。1、2、3 号离心机年使用机时远远小于4 号离心机，而且2 号离心机2013 年使用机时低于2012 年的。由于大型仪器设备结构复杂，功能较多，而且趋向于复合型，需要专性匹配的零部件或者耗材。大型仪器设备进行采购时，未将匹配的零部件或者专性耗材纳入采购计划，而仪器设备到货后，才进行补购专性零部件或耗材，既造成资金的浪费( 从仪器采购的税费方面考虑) ，又因不同批次采购而不能与仪器设备相匹配，致使仪器设备的运行受到影响。
基于民营胶园对土壤元素成分分析的需求，橡胶所对外服务的3 台大型仪器设备均是属于土壤肥料方向的仪器设备，而这3 台大型仪器设备完全满足不了面向广大植胶区民营农户的要求，这也反映了大型仪器设备购置缺乏对外共享意识。
大型仪器设备的运行管理缺乏专门的经费支持
大型仪器设备价格昂贵，资金来源绝大部分都是财政专项经费，但是日常维修与维护的费用极其紧张，出现了所说的“买得起马，配不起鞍”的现象。维修维护不及时，必然会造成大型仪器设备的使用效率低和对外共享程度差，随之会影响下一年度仪器设备购置经费申请。大型仪器设备的运行管理绝大多数依赖于兼职的科技人员，对仪器设备的简单维护与操作指导都是义务之举，缺乏经费的支持，不能给予他们相应的绩效津贴，在一定程度上必然会挫伤科研人员管理与维护大型仪器设备的积极性，势必会影响大型仪器设备使用效率与对外服务能力。
